Nació en Pergamino, provincia de Buenos Aires, el 29 de octubre de 1912. Su padre abandona a la familia cuando él aún era un niño; nunca más vuelve a verlo. Ya radicado en Buenos Aires tiene inquietudes por lo político-social y se conmueve en su adolescencia por la revolución de octubre en Rusia, la revolución mexicana, y los planteos progresistas del APRA peruano. Simpatizante de la causa yrigoyenista, comienza a ensamblar en su pensamiento y acción, nacionalismo, izquierda y latinoamericanismo. Dirá “Mi iniciación política, siendo un adolescente, data de poco después de 1930 donde abracé la causa antiimperialista y anticonservadora que no he abandonado ni abandonaré jamás”. La muerte en 1933 de su madre Patricia Arregui, soporte de Juan José en todo sentido, lo envuelve en una profunda pena y congoja que lo lleva a mudarse lejos del ruido, a Villa María, provincia de Córdoba. Se conchaba en una biblioteca popular de esa ciudad, lo que le permite un contacto permanente con textos, estudiantes, profesores y autodidactas. Escribe un libro de literatura en 1935 que es muy alabado por la crítica. Pero él ya tiene la idea de escribir sobre política y voluntariamente se aparta de la ficción literaria. En 1938 se muda a la ciudad de Córdoba, trabaja en el Boletín Oficial de la provincia, también en el diario “Debate” y se casa con un maestrita de 20 años que lo acompañará toda su vida: Odilia Giraudo. Comienza a estudiar Filosofía. Accede al doctorado de esa disciplina con primer premio, medalla de oro y diploma de honor en 1944. Con la llegada al poder del peronismo se muda a Buenos Aires y Jauretche le consigue un trabajo en La Plata, al cual luego renuncia en 1948. Se dedica a la enseñanza secundaria y universitaria a través de diferentes cátedras. Se afilia al Partido Peronista. Entre persecuciones y cárceles, el golpe oligárquico de 1955 lo obliga a enfrascarse en su trabajo intelectual, resultas del cual en octubre 1957 se conoce su primer ensayo político-social: “Imperialismo y cultura” en donde denuncia a esa “inteligencia” nativa y hueca cómplice del poder imperial. Poco tiempo después aparecerá su segundo trabajo: “La formación de la conciencia nacional” en cuyo prólogo deja sentado una declaración de principios: “La crítica inspirada en un profundo amor al país y fe en el destino nacional de la humanidad contra la izquierda argentina sin conciencia nacional y el nacionalismo de derecha, con conciencia nacional y sin amor al pueblo (…) para contribuir desde la izquierda nacional en oposición a la izquierda sin raíces en el país, al esclarecimiento de la cuestión nacional”. El 19 de abril de 1962 es detenido sin causa alguna por la Policía Federal y alojado en la cárcel de Caseros. Dirá al respecto: “Podrán intentar intimidarnos, pero no lo conseguirán. Lo nacional se impondrá tarde o temprano (…) No pueden con nosotros porque somos el pueblo identificado, más y mejor que nunca con los auténticos objetivos de la nación”. El 4 de mayo de ese mismo año recupera la libertad. Y a principios de 1963 Hernández Arregui, concluye su tercer trabajo que mueve el interés de sectores del peronismo combativo y la izquierda nacional que buscan sin saberlo un mismo camino; me refiero a la aparición de “¿Qué es el ser nacional?”. Comienza a dar charlas y se organizan grupos de personas para escucharlo y debatir, una tendencia que se profundiza luego de 1966 cuando el golpe militar de Onganía arrasa con las libertades públicas y provoca, a nivel universitario el bochorno que se conocerá como “La Noche de los Bastones Largos”. En ese clima de agitación prepara su cuarto libro “Nacionalismo y Liberación” y da todo su apoyo a la experiencia única e irrepetible de la C.G.T. de los Argentinos en 1968-69, debido a la estrecha relación que guarda con los sectores más combativos del sindicalismo peronista. Su próximo paso en el invierno de 1971, cuando ya comienza a vislumbrarse a corto plazo una retirada de las fuerzas antinacionales en el gobierno, será comenzar a escribir “Peronismo y Socialismo”. Ya fallecido John W. Cooke, Hernández Arregui, sin lugar a dudas se convierte en el más importante intelectual con vida dentro de las filas del peronismo revolucionario. Artículos en revistas, mesas redondas y debates lo cuentan como protagonista de esa época. Durante la dictadura de Lanusse meten una bomba en su hogar, quedando con lesiones considerables su señora, que estará internada durante 11 meses. Gracias a la venta en “Plus Ultra”, de 10 mil ejemplares de la “Formación de la Conciencia Nacional” puede llegar a comprarse otra casa. Perón lo invita a participar del vuelo charter que lo devolverá a su Argentina natal, el 17 de noviembre de 1972. Acepta la invitación. En septiembre de 1973 aparece bajo su dirección un único número de la revista “Peronismo y Socialismo” dedicada “a la clase obrera peronista y a aquellos sectores del Movimiento Nacional identificados con una línea revolucionaria de masas”. (Después saldrá un segundo número, pero con otro nombre – “Peronismo y Liberación” – para no irritar a los “maccartistas”). Luego comenzarán las persecuciones y traiciones de los sectores ortodoxos del justicialismo, disciplinadamente alineados detrás de Isabel y López Rega entre otros inútiles, para disimular su escaso poder de convocatoria popular y su falta de espiritu revolucionario. Con la muerte de Perón el 1° de julio de 1974, todo termina por desbarrancarse. La reacción le pone una bomba en su casa de la calle Guise que solamente produce daños materiales. Para septiembre de ese mismo año, el nombre de Hernández Arregui aparece en una lista de la tenebrosa Triple A donde figura como sentenciado a muerte. Por lo que opta por irse con su mujer a una ciudad del interior para luego partir al exilio. Se muda entonces a Mar del Plata donde tiene afinidad política y de amistad con la familia Eliçagaray (también diezmada por la represión genocida más tarde). En esa ciudad balnearia lo sorprende un infarto y fallece el 22 de septiembre. Queda en el recuerdo la carta que le envió el Líder desde Madrid, el 20 de agosto de 1963, al recibir un ejemplar de su obra “¿Qué es el ser nacional?” y adónde en uno de sus párrafos puede leerse: “He leído sus anteriores obras ‘Imperialismo y Cultura’ y ‘La Formación de la Conciencia Nacional’, que representan dos jalones de la cultura sociológica argentina, hasta entonces servida en su mayoría por vendepatrias y cipayos. Le considero a Usted el mejor escritor argentino de la actualidad (…) Muchas gracias por todo. Le ruego que acepte, con mi admiración y el saludo más afectuoso, un gran abrazo: Juan Perón”.