Nacido en Rosario de la Frontera, Salta, el 28 de noviembre de 1953. Tenía 6 hermanos. Hizo la escuela técnica secundaria en el colegio “Güemes”. Su último lugar de trabajo registrado fue como jornalero y albañil en el Ferrocarril Belgrano en Metán, Salta. A la edad de 23 años, en la madrugada de un 4 de mayo de 1976, fue secuestrado-desaparecido de su casa sita en Juramento 118, también Metán, Salta. Alrededor de 20 policías entre los que estaban Rafael Rolando Perelló y Eduardo del Carmen del Valle (ahora están siendo juzgados) rodearon la casa de los Nuñez y entraron rompiendo todo y a las patadas. Se llevaron a Pedro Francisco y otros hermanos suyos que militaban y organizaban a la gente del lugar a nivel vecinal. Estos fueron luego liberados, él no. Pedro Francisco Nuñéz además militaba en la Juventud Peronista.